Родился 25 июня 1924 года в Тюмени. Трудовой путь начал учеником токаря.
Участник Великой Отечественной войны. После демобилизации в 1947 году, устроился работать кочегаром паровозного депо станции Тюмень.
В 1955 году Геннадий Борисович с отличием окончил Свердловский горный институт им. В. В. Вахрушева и стал работать геологом поисковых экспедиций в Ишиме и Тобольске. До 1965 года – главный геолог и начальник Березовской, Нарыкарской, Сартыньинской, Верхнекондинской геологических и нефтеразведочных экспедиций ХМАО.
С 1965 до 1971 года трудился на Ямале и в Иркутске. Следующие три года Геннадий Борисович руководил Мегионской экспедицией. В 1974 году Рогожникова назначили главным геологом Ханты-Мансийского геофизического треста. В период с 1977 по 1981 годы – главный геолог Тюменского геофизического треста.
В 1978 году Геннадий Рогожников защитил диссертацию и стал кандидатом геолого-минералогических наук. Автор 25 научных статей, 18 из которых опубликованы.
Геннадий Борисович – профессионал в области геологии, поиска и разведки месторождений углеводородов. При его содействии создавались многочисленные планы геологоразведочных работ, методические приемы поиска и разведки, составлялись оперативные структурные и тектонические карты, геологические разрезы, корреляционные схемы и другие графические построения.
Участвовал в выборе точек заложения многочисленных поисковых и разведочных скважин. Внес большой вклад в изучение основных черт геологического строения и нефтегазоносности как отдельных районов и площадей в Западной Сибири, так и в Западно-Сибирской нефтегазоносной провинции.
Рогожников вел поисковые работы в Покровском, Ишиме и Тобольске. Возглавлял Березовскую, Нарыкарскую, Верхне-Кондинскую и Мегионскую экспедиции, Восточно-Сибирское геологическое управление, Ямальский нефтеразведочный, Ханты-Мансийский и Тюменский геофизические тресты. Руководил открытием 29 месторождений нефти и газа, в том числе Варьеганского, Игримского, Самотлорского, Заполярного, Комсомольского, Новопортовского, Похромского, Тюменского, Уренгойского и др.
Отмечен дипломом и нагрудным знаком «Первооткрыватель месторождения» (1974, Уренгойское).
Награжден орденами Отечественной войны II степени (1945), Трудового Красного Знамени (1968), «Знак Почета» (1963), пятью военными медалями, в том числе «За взятие Берлина» (1945), «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.» (1945).
Избирался депутатом городского и окружного Советов народных депутатов, членом районного и окружного комитетов КПСС.
В честь Геннадия Рогожникова названо месторождение Тюменской области – Рогожниковское.