Родился 26 сентября в селе Савенково Тульской области. Отец погиб в борьбе с бандами Деникина под Орлом , когда Михаилу не исполнилось еще и годика. Мать Татьяна Павловна с четырьмя сыновьями осталась жить в семье свекра Михаила Степановича. Дед заменил мальчикам отца. Прослывший завидным трудолюбом и мастером на все руки в родном селе он воспитывал внуков трудом. Дед запрещал есть чужой хлеб, потому что этот хлебушек не отработан собственными трудами и испечён не руками мамы. В неурожайные годы Татьяна Павловна за хлебом ездила на Кубань. Дорога была дальняя, но она на себе приносила пуда три муки, которую потом смешивали с мукой из лебеды. Голодными не сидели, старались во всём помогать маме.
Детская мечта стать лётчиком родилась с подсказки слепой прабабушки Евдокии Евтеевны. Она рассказывала мальчику, который кормил её с ложки, о том, «что на самолёте летают сильные и смелые люди». Миша захотел, чтобы и его заметили люди, управляющие небесной диковинкой.
В 1933 году юный Михаил приехал в Ленинград поступать в институт. Однако в вузах не могли предоставить жилье, и он вместе с товарищами записался на курсы при заводе «Красный треугольник», где было общежитие. Завершив обучение, друзья устроились слесарями по ремонту и монтажу. Параллельно Михаил Базовкин посещал аэроклуб. Через некоторое время он поступил в Балашовское летное училище, после окончания которого ему присвоили звание младшего лейтенанта и направили в Актюбинск, а позже – в Барабинск, где Михаил служил пилотом-инструктором 75-й авиаэскадрильи. Он обучал летному делу тех, кому пришлось сражаться с врагом в начале войны. Несколько инструкторов подали заявление с просьбой отправить их на фронт, но никого не отпустили, так как у сотрудников «Аэрофлота» была «бронь».
Отправиться на поля сражений разрешили только в 1942 году.
Он был направлен на защиту города на Неве – на Волховский фронт, в 7-й ночной бомбардировочный авиаотряд 4-го особого авиаполка (ОАП ГВФ), сформированного из гражданских лётчиков, добровольно ушедших на войну.
На самолете По-2 летчик выполнял задания, связанные с разведкой, осуществляя фотосъемку объектов противника, доставлял солдатам вооружение, провизию и медикаменты. Партизанский отряд коммуниста Алексея Ивановича Сотникова, созданный Куйбышевским райкомом партии Ленинграда, можно назвать «подопечным» пилота Базовкина. В этот отряд, расположенный в 15 км от линии фронта, среди болот, на У-2 (немцы называли этот самолёт «рус фанер») он доставлял продукты питания, боеприпасы. 10 ноября 1942 года перебрасывал партизанский отряд в тыл противника. Последний человек, которого он доставил к месту десантирования, по неопытности раньше времени раскрыл парашют, куполом накрыло хвостовую часть, лямки зацепились за рычаги управления. Самолёт стал неуправляемым и врезался в лесной массив. Михаил Базовкин сильно пострадал, были сломаны руки и ноги. Спасли партизаны: они отыскали едва живого летчика и отнесли в лагерь, где медсестра оказала необходимую помощь. Командир отряда по рации сообщил в штаб Ленинградского партизанского движения, что пилот тяжело ранен в голову. А в лётный отряд пришли сведения о том, что погиб.
Когда поправился, стал ходить с партизанами на задания. Взрывали мосты, железнодорожные линии. На долю отряда выпало немало испытаний. Однажды партизан окружили немецкие солдаты, закончились боеприпасы и провизия. Через десять голодных дней решили выходить из тыла. Шли по замерзшему озеру Ильмень. Повезло, вышли к своим.
«Передвижение осуществляли по глубокому снегу – без лыж. Оставшись без продуктов и без связи с Центром. Из моих унтов пытались сварить еду, но из выделанной собачьей кожи навара не получилось. …Подстрелили дятла. Разделили его на пять частей и стали варить кости и кожу. Хлебая воду, приговаривали: «Как вкусно!» Ели и кору деревьев. …Голодные и оборванные, мы шли по компасу, цепочкой – друг за другом, помогая друг другу. Как умудрялись отбиваться от преследующих нас немцев, ума не приложу», – вспоминал Михаил Сергеевич.
Перенесенные испытания сказались на здоровье, от полетов Михаила Базовкина отстранили. Доктора предлагали списать в тыл, но он наотрез отказался, прошел медкомиссию и снова получил допуск к полетам. Однако до боевых вылетов по-прежнему не допускали. Это летчика не устраивало и он добился зачисления в прославленную дивизию ночных бомбардировщиков, которую сформировал Герой СССР генерал-майор авиации Василий Молоков.
Ему довелось сражаться на Волховском и Третьем Белорусском фронтах, Орловско-Курской дуге, участвовать в освобождении Орла, Минска, Калининграда.
В декабре 1942 года, уточнив движение противника по железной и шоссейной дороге Орша – Витебск, лётчик Базовкин вынужден был посадить самолёт прямо в снег на опушке леса. Шасси зацепилось за бревно и повредилось. Он повредил себе ногу и около трёх часов полз по снегу в лесу.
400 боевых вылетов на счету легендарного лётчика Михаила Сергеевича Базовкина.
За свои заслуги Михаил Сергеевич награждён орденами Красного Знамени, Красной Звезды, Отечественной войны первой степени, «Знак Почёта», Трудового Красного Знамени. У него около 40 медалей, в том числе «За оборону Ленинграда», «За взятие Кенигсберга», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 годов», «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».
Демобилизовавшись в 1946 году, капитан (звание майора присвоили позже) отправился в Ленинград, где окончил партийную школу. После был направлен в Тюмень замполитом в 21-й авиаотряд. Принимал активное участие в освоении недр нашего региона. В 1965 году возглавил Центральное агентство воздушных сообщений. Выйдя на пенсию, продолжил трудиться в отделе грузовых перевозок управления гражданской авиации.
Михаил Сергеевич воспитал двоих детей, у него четыре внука и семь правнуков.
Похоронен в Тюмени 27 января 2015 года.
