Родился 14 декабря 1923 года в городе Тюмень в семье служащего. Окончил 10 классов, занимался в тюменском аэроклубе.
Участник Великой Отечественной войны с 1941 года. В 1942 году окончил Томское артиллерийское училище. Член ВКП(б) с 1943 года.
Командир батареи 392-го пушечного артиллерийского полка (39-я армия, 3-й Белорусский фронт) капитан Виктор Худяков с воинами-артиллеристами вверенной ему батареи в период с 1 по 8 февраля 1945 года в районе населенного пункта Гермау (ныне – поселок Русское Зеленоградского района Калининградской области) умело отражал вражеские контратаки, нанося неприятелю значительный урон в живой силе и боевой технике.
1 февраля 1945-го «под ураганным огнем противника провел свою батарею в тыл врага. Девять раз командир Худяков водил своих бойцов в контратаку, истребив при этом свыше 100 фашистов. Восемь суток его бойцы отбивали непрерывные атаки противника. Получив приказ о выходе из окружения, Худяков храбро и умело повел колонну через огненные заслоны врага. Основная часть личного состава батареи вышла из вражеского кольца. На руках бойцы вынесли тело командира».
Отважный офицер-артиллерист был ранен в одном из боев и скончался от ран 12 февраля 1945 года. Похоронен в братской могиле в поселке Русское Зеленоградского района Калининградской области.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 29 июня 1945 года за образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецко-фашистскими захватчиками и проявленные при этом мужество и героизм капитану Худякову Виктору Леонидовичу присвоено звание Героя Советского Союза (посмертно).
Награжден орденом Ленина (посмертно), орденами Отечественной войны I и II степени, Красной Звезды, медалями.
Именем Виктора Худякова названа одна из улиц Тюмени, на этой улице на доме № 49 установлена мемориальная доска.
На фасаде административного корпуса Тюменского государственного университета (ул. Володарского, 6 / Семакова, 10), где прошли школьные годы Виктора Худякова, установлена мемориальная доска.
15 июня 1976 года на Рижской киностудии был снят документальный фильм, который посвящен Герою Советского Союза Виктору Леонидовичу Худякову.
