Родился 21 марта 1940 года. Его родина – поселок Красногорский Звениговского района республики Марий Эл. Отец Владимира был шофером. По окончании школы Владимир поступал в летное училище, но не поступил. Устроился водителем и сдал экзамены на вечернее отделение Казанского авиационного института, а после третьего курса смог все-таки стать курсантом Краснокутского летного училища гражданской авиации. Окончив в 1965 году училище, по распределению попал в Тюмень, где живет и сегодня. С 1971 по 1976 год учился в Академии Гражданской Авиации (сегодня – Университет Гражданской Авиации), специальность – инженер-пилот.
2 августа 1995 года около 10 часов утра. Экипаж ИЛ-76 выполнял обычный рейс. На подлете к Кандагару на высоте около 8200 метров командир услышал в наушниках команду посадить самолет. Приказ подкреплялся «соседством» в воздухе МиГ-21 с афганскими опознавательными знаками, снабженным четырьмя ракетами. Экипаж казанской фирмы «Аэростан» выполнял работу в рамках контракта. На борту разрешенный и оформленный груз. Но иного выхода, кроме как приземлиться у наших летчиков не было. Весь экипаж оказался в плену у талибов. Заключение продолжалось 378 дней. Несмотря на физическое истощение и моральное давление со стороны боевиков, команда продолжала обслуживать свой самолет.
16 августа в 1996 года, во время одного из осмотров воздушного судна, узники решились на побег. Ночью с 18 на 19 августа российские лётчики вернулись на Родину.
Звание Героя России присвоено Владимиру Ильичу указом президента России от 22 августа 1996 года. Звезду Героя России вручил в Кремле премьер-министр В. С. Черномырдин.
После возвращения из плена Владимир Шарпатов некоторое время продолжал работать в компании «Аэростан», но 1 декабря 1998 года в возрасте 58 лет был уволен «по сокращению штатов». Безуспешно пробовал добиться восстановления на работе. Уехал в Тюмень, где по распоряжению губернатора Тюмени Владимиру Шарпатову выделили квартиру. Лётчик вновь сел за штурвал Ил-76 авиакомпании «Тюменьавиа». Летал в Турцию, Эмираты. В возрасте 62-х лет ушёл с летной работы.