Родился 1 января 1923 года в поселке Саранпауль Березовского района Ханты-Мансийского автономного округа. После окончания школы поступил в Салехардское педагогическое училище.
Восемнадцатилетним юношей ушел на фронт. Был зачислен в авиадесантную бригаду, которая вскоре была переформирована в стрелковую маневренную и в боях заслужила звание гвардейской. С января 1942-го по май 1945 года участвовал в боях на Северо-Кавказском, 3-м и 4-м Украинских фронтах, прошел от Главного Кавказского хребта до столицы Австрии Вены.
Боевой путь Нифонт Вокуев начал сержантом, командиром отделения десантников, а закончил старшим лейтенантом, командиром разведки. Награжден орденами «Отечественной войны первой степени», «Красной Звезды», медалью «За отвагу».
После войны Нифонт Трофимович работал на комсомольской, партийной и советской работе в Березовском, Нижневартовском, Советском районах, в городе Ханты-Мансийске. Он внес большой вклад в становление и развитие экономики и культуры, в освоение нефтегазового комплекса Ханты-Мансийского автономного округа, за что был награжден орденом Трудового Красного Знамени, двумя орденами «Знак Почета». Указом Президента РФ присвоено звание «Заслуженный работник культуры».
С 1978 года Нифонт Трофимович возглавлял областное архивное управление. Неоценимый вклад внес в поисковую работу и издание книги «Память», посвященной погибшим воинам Тюменской области на фронтах Великой Отечественной войны.
22 сентября 1997 года после продолжительной и тяжелой болезни участник Великой Отечественной войны Нифонт Трофимович Вокуев умер.
На доме, в котором жил Нифонт Трофимович установлена мемориальная доска.