Родилась 29 мая 1953 года в Тюмени. В 1982 году окончила исторический факультет Тюменского университета, а в 1988 году – филологический факультет того же вуза. Трудовой путь начала в 1972 году в народном образовании Тюменской области. С 1982 года работала в Тюменском областном институте усовершенствования учителей.
Период с 1988-1991 гг. Ханиса Чавдатовна училась в аспирантуре Казанского университета, по окончании которого в 1992 году защитила кандидатскую диссертацию. В это же время работала научной сотрудницей Института Татарской энциклопедии АН РТ. В 1992-1994 годы – доцент кафедры русского языка Тобольского пединститута и доцент кафедры общего языкознания ТюмГУ. В 1999 году состоялась защита докторской диссертации по теме «Историко-лингвистическое исследование ономастикона сибирских татар (на материале Тюменской области)».
В кругу ученых Ханиса Алишина известна, как специалист в области тюркологии, диалектологии сибирских татар. Много сил положила для развития в Сибири тюркологической науки и подготовки высококвалифицированных исследователей. Постоянный участник международных и всероссийских конференций, семинаров, совещаний, съездов, которые проводит Всемирный конгресс татар в Казани.
Ханиса Чавдатовна – автор свыше 300 публикаций, в числе которых несколько монографий. Особое место занимает двухтомный труд «Ономастика сибирских татар». Это первый в отечественной топонимике опыт комплексного историко-лингвистического исследования ономастикона сибирских татар. В работе автор исследует проблемы семантики, словообразования, затрагивает ряд актуальных проблем топонимики Западной Сибири, анализирует памятники средневековой татарской и русской письменности.
Алишина – талантливый организатор научной деятельности. Член трех диссертационных советов Тюмени и Тобольска. В 1993 году при ее участии в Тюменском государственном университете открылась первая татарская группа.
Ханиса Алишина – профессор кафедры общего языкознания, заведующая отделением татарского языка и литературы ТюмГУ, помощник депутата Тюменской областной Думы. Член Союза журналистов Российской Федерации, академик Международной тюркской академии, заслуженный учитель Республики Татарстан, почетный работник высшего образования Российской Федерации, почетный академик АН Республики Татарстан.В 2019 году профессор получила общенациональную премию как лучший научный деятель Уральского федерального округа. В 2023 году Ханиса Чавдатовна награждена премией имени ученого-энциклопедиста Джамала Валиди, золотой медалью Академии наук Республики Татарстан «За достижения в науке».