Родился 10 (22) августа 1893 года в селе Каракчора, Крым, в семье кузнеца. С 1904 года работал подручным в кузнице. Окончил Акчуринское двухклассное министерское училище.
В 1914 году Эдуарда призвали на службу в морскую авиацию Балтийского флота. Юноша мечтал о небе. Имея специальность авиамоториста попал в 1-ю воздушную бригаду Балтфлота. Служба в матросской среде сформировала революционера Лухта. Позднее он участвовал во взятии Зимнего дворца, конвоировал царскую семью в Екатеринбург.
В феврале 1918 года участвовал в знаменитом Ледовом походе. А летом воевал с казаками атамана Дутова на Волге в качестве командира матросской пулеметной роты. Позже участвовал в боях с белогвардейцами под Оренбургом, Актюбинском, Орском.
В начале 1919 года Эдуард стал мотористом гидроавиаотряда Волжской речной флотилии. Здесь познакомился с М. В. Фрунзе, который распорядился откомандировать молодого человека на учебу в Гатчинскую школу морских летчиков. Уже через год Лухта назначили командиром звена Туркестанского гидроавиаотряда, которое прикрывало с воздуха от натиска врангелевцев подступы к береговым батареям в районе Очакова и Одессы.
За время боевой кампании летчик Лухт с механиком Тийслером произвели 24 боевых вылета на аппарате М-9. После чего летчика представили к ордену Боевого Красного Знамени. В наградном листе указано: «действовали Лухт и Тийслер под сильным орудийным огнем неприятеля, на высоте 700-1200 метров, вследствие чего аппарат получал шрапнельные и пулеметные пробоины. …При полетах обстреливали противника пулеметным огнем и наводили панику на корабли и сухопутные части противника, о чем неоднократно упоминалось в агентурных сведениях...»
Вместо ордена Эдуард Мартынович получил тогда кожаный костюм.
Настоящим орденом Красного Знамени Эдуарда Лухта наградили «за полеты на далекий заполярный остров Врангеля и открытие воздушных трасс в Якутии».
Из наградной грамоты Президиума Якутского ЦИК:
«Дорогой товарищ! Вы сделали огромное дело, совершив в чрезвычайно трудных условиях перелет с «Колымы» на остров Врангеля, а также перелет над неисследованной в воздушном отношении великой рекой Леной».
В 1929 году, когда Япония провоцировала конфликты на Китайско-Восточной железной дороге (КВЖД) и устраивала нападения на советские пограничные территории, Лухт командовал 68-м гидроавиаотрядом. Часто выходил в разведку. Дважды летал с Блюхером и многократно – с командиром Амурской флотилии Я. И. Озолиным. Второй орден Красного Знамени Эдуарду Лухту вручал сам Блюхер.
В 1938 году полковника Лухта назначили командиром Обского отдельного отряда Гражданского воздушного флота, который базировался в Тюмени. Эдуард Мартынович стал одним из основателей аэропортов в тюменском Плеханово, Сургуте, Березово. Под его руководством открыли и авиалинии до Тобольска, Самарово (Ханты-Мансийска), Березово, Салехарда.
29 мая 1940 года Эдуарда Мартыновича Лухта не стало. Похоронен на Текутьевском кладбище.