Первые упоминания о таможенном деле в Тюмени относятся к 1604 году. В 1628 году бюджет города Тюмени по данным из «сметных книг хлебных запасов» пополнился на 1964 рублей 18 копеек, из которых таможенные пошлины с проезжих и тюменских людей составили 1171 рублей.
В 1728 году в Тюмени был построен мост через речку Тюменку, длиной 176 метров, на посаде которого встали таможня, торговые ряды, один из крупнейших в Верхотурье и Мангазее гостиный двор.
Тюменская таможня имела на проезжих и судоходных реках таможенные заставы. Являясь столицей богатейшего края, поставляла на царский двор лес, рыбу, ягоды, кедровый орех и ценные сорта пушнины. Поэтому на печати Тюменской таможни не случайно были высечены «лисица да бобр».Со второй половины 17 века основным направлением экономического развития становятся ремесло и торговля. В Тюмень привозили товары купцы из 50 с лишним городов и областей России и Сибири. Вели торговлю и зарубежные купцы. С конца 16 века на Туру приходят караваны из Бухары и Самарканда. Тюменскую юфь (кожу) покупали в Китае, Ташкенте, Бухаре. Торговля облагалась многочисленными налогами. Судя по доходам таможни, торговые обороты Тюмени во второй половине 17 века достигали 10 тысяч рублей и немногим уступали оборотам крупнейших торговых городов Сибири – Тобольска и Енисейска.
В конце 19 века Тюмень, выгодно расположенная водными путями к северным воротам в Западную Сибирь, стала базой парового флота. А открытие железной дороги Екатеринбург – Тюмень соединило Сибирь с центром России. Торговые дела стали интенсивно развиваться и 1 мая 1899 года Соединенные департаменты Законов и Государственной экономии приняли «Положение об обустройстве таможенной части в Сибири». 1 сентября 1899 года Департамент таможенных сборов учредил в городе Тюмени таможню 1 класса.
Здание Тюменской таможни находилось на железнодорожной станции Тура. Во дворе таможни имелись два каменных строения для хранения грузов. Город упрочил за собою положение как крупный поставщик чая, как для Сибири, так и для европейской части России.Подчеркивая возрастающий экономический потенциал Сибири, Н. М. Ядринцев в книге «Сибирь как колония» писал: «Может быть не всякому известно, что турок получает коровье масло из Сибири через Ростов-на-Дону, лондонская гостиная освещается стеариновой свечой из сибирского сала; пуховая шляпа, покупаемая европейцем, приготовлена из шерсти сибирского зайца; сапоги, красующиеся на ногах немца, выделываются в Лейпциге из сибирской кожи; нечего и говорить уже о том, что сибирский мех обивает и шею европейской певицы и служит подкладкою в плаще китайского императора»
Таможня приносила доход в государеву казну до 1901 года. К этому времени в Сибири активно строились железные дороги. И с открытием участка Новосибирск-Омск провоз иностранных товаров уверенно «встал на рельсы». Товары, предназначенные для европейской России, стали, попросту, «проезжать» мимо провинциального города.
Государственный Совет в Соединенных Департаментах Законов и Государственной Экономии и в Общем Собрании вынес решение «об упразднении таможен 1 класса в городах Тюмени и Красноярске».
Современная Тюменская таможня начала свою деятельность как таможенный пост Екатеринбургской таможни 1 сентября 1989 года. 24 октября 1990 года он был преобразован в Тюменскую таможню.