История центра тесно связана с работой «Зоомузея ТюмГУ», который начал собирать коллекции в первой половине XX века. Годом его основания считают 1935. Тогда действовал зоологический кабинет, насчитывающий в этот период около пяти экспонатов.
Дата начала развития будущего музея связана с приездом в Тюмень Анатолия Дмитриевича Шаронова. Впоследствии он стал преподавать в Тюменском пединституте. Здесь Анатолий Дмитриевич со студентами приступил к сбору материалов. В первую очередь, в коллекции стали появляться тушки птиц, обитающих в наших лесах. Богатый материал был собран педагогом в 1936 году во время его экспедиции по северу Тюменской области. Коллекцией сибирской фауны заинтересовался Ленинградский зоологический институт. Начался обмен тушками и чучелами. Так в музее стали появляться чучела птиц, обитающих в различных уголках мира: колибри, зимородки, нектарницы и другие – всего около 10 видов. Самые старые экспонаты относятся к 1829 году. Гордостью музея стал стервятник из коллекции академика Н.А. Северцова (1827-1885). Биологические группы начали оформлять в 1937 году. Продолжались активные сборы материала в междуречье Надыма и Тромъегана.
Во время Великой Отечественной войны помещения «Зоомузея» передали под эвакогоспитали, из-за чего он был практически расформирован. В послевоенные годы много сил и времени было потрачено на поиски экспонатов и еще больше – на их восстановление.
С 1955 года в комплектовании коллекции «Зоомузея» активное участие принимал Федор Дмитриевич Шапошников, заведующий кафедрой зоологии. Знаковым событием в развитии музея стал переход на работу из Тюменского областного краеведческого музея в педагогический институт в 1960 году Василия Евгеньевича Кюкена, хорошего таксидермиста, который с любовью выполнял свое дело, проработав здесь учебным мастером до 1992 года. Им было сделано тогда еще одно из немногих его крупных чучел – рысь. Благодаря настойчивости мастера, в 1964 году под музей была выделена отдельная комната площадью чуть более 40 кв. м. Он составил первую экспозицию музея. С 1970-х годов «Зоомузей» стал широко использоваться в учебном процессе. К работе стали привлекаться студенты. Они не только принимали участие в сборе материала, но и сами препарировали животных. Позже музею было присвоено имя Василия Кюкена.
В 2000 году на базе зоологического музея им. В. Е. Кюкена был создан Научно-исследовательский центр по изучению биологического разнообразия Тюменской области «Зоомузей ТюмГУ». Основной задачей центра стало проведение инвентаризационных фаунистических исследований, начатых в регионе еще академическими экспедициями Петра Симона Палласа (1741-1811).
Центр обладает коллекциями региональной и мировой направленности. Его фонды располагают площадью более 200 кв. м и насчитывают свыше 1300 видов позвоночных и
500 с лишним тысяч единиц хранения беспозвоночных животных. В экспозиции представлены коллекции млекопитающих, птиц, рептилий, амфибий, рыб и насекомых. Среди них особое место занимают предметы из коллекций Н. М. Пржевальского, Н. А. Северцева, И. Я. Словцова, имеющие столетнюю историю.
Адрес: Тюмень, пос. Нефтяников, ул. Пирогова, 3.