Родился 5 января в городе Тюмени. В первый класс пошёл в 31 среднюю школу. Позже переведён в среднюю школу № 5, где учился до 11 класса. Был участником тюменского клуба «Кречет» и альпинистского отряда военно-патриотических объединений Тюменской области.
В армию призван на срочную службу в октябре 2013 года. Проходил службу в 34 отдельной мотострелковой бригаде (горной) в Карачаево-Черкесии в должности наводчика-оператора боевой машины пехоты (БМП-2). Уволен в запас в октябре 2014 года.
После армейской службы проживал в городе Омске. Окончил Омский Государственный Университет имени Ф. М. Достоевского. Работал учителем английского и немецкого языков в городах Омске, Санкт-Петербурге.
Призван в армию по частичной мобилизации в октябре 2022 года. Прошёл подготовку в 242 учебном центре Воздушно-Десантных Войск в городе Омске. После обучения, направлен в парашютно-десантный батальон (резервный) 234 гвардейского десантно-штурмового полка (в/ч 74268 город Псков) 76 гвардейской десантно-штурмовой дивизии.
Принимал участие в специальной военной операции с декабря 2022 года. Подразделение выполняло боевые задачи в районе города Кременная Луганской Народной Республики.
28 декабря действовал в составе штурмовой группы по уничтожению опорного пункта боевиков. Выдвинувшись к позиции националистов, первым ворвался в траншею противника. Лично из своего автомата и ручными гранатами уничтожил шестерых боевиков, закидал ручными гранатами пулеметный расчет, чем обеспечил выполнение боевой задачи и захват выгодного рубежа. Противник, пытаясь вернуть утраченную позицию, предпринял несколько контратак. Во время боестолкновения Владимир Гоненко увидел, как у командира взвода заклинил автомат. Бросившись на выручку, он прикрыл своего командира, дав ему возможность перезарядить оружие. Но в это время получил смертельное ранение. Отважный воин погиб, спасая своего командира. Похоронен 27 января 2023 года на Червишевском кладбище города Тюмени.
Награждён орденом Мужества (посмертно).
3 марта 2023 года в школе № 5 города Тюмени состоялось открытие мемориальной доски погибшему Герою. В городе Тюмени одна из улиц названа его именем.