Родился 11 июля в городе Екатеринбурге в семье священника Александра Васильевича Хлынова. В 1897 году юноша окончил Тобольскую семинарию. Затем поступил в Казанскую духовную академию, которую окончил со степенью кандидата богословия и правом преподавания в семинарии.
Педагогическую деятельность начал в городе Тобольске с должности учителя греческого языка духовного училища. Позже преподавал латинский язык во втором классе. Был членом правления от учителей и делопроизводителем духовного училища. Затем преподавал арифметику в третьем классе Тобольского епархиального женского училища.
В 1904 году учитель Владимир Александрович Хлынов вступил в брак с дочерью чиновника Марией Ивановной Убытковой. В семье воспитывалось шесть детей. Четыре дочери и два сына. Многие из детей в будущем связали свою жизнь с педагогикой и медициной.
В сентябре 1905 года поступил на службу в Александровское реальное училище. Здесь диакон Хлынов принял пост священника Александро-Невской церкви при училище. Приступил к должности законоучителя.
С февраля 1906 года возглавил уездное отделение епархиального училищного совета. С 1906 года по 1910 год занимал должность библиотекаря ученической библиотеки. Был классным наставником третьего и пятого параллельных классов реального училища.
С 1908 года священник Хлынов вошел в состав благочиннического совета Тюменского городского благочиния. С 1910 года по 1914 год занимал пост секретаря педагогического совета реального училища. В 1912 году возглавлял Тюменское отделение Российского общества Красного Креста.
Владимир Александрович преподавал общую историю в четвертом и пятом классах реального училища. Временно исполнял обязанности законоучителя младших и старших классов Тюменской женской гимназии. В Александровском реальном училище он прослужил двенадцать лет. Кроме богослужения и преподавания исполнял множество церковной, учебной и общественной работы.
По состоянию на 1909 год за свою службу учитель получал зарплату в размере 1960 рублей, с учетом всех надбавок и совместительств. В 1916 году размер оплаты увеличился до 3460 рублей в год.
Жил учитель вместе со своей семьей на Телеграфной улице (теперь улица Красина) в доме Наследников Рогожникова.
После революционных событий 1917 года отец Владимир провел проповедь в Знаменском соборе, которая вызвала бурную реакцию на страницах газеты Ермак:
«Почтенный проповедник, пользуясь тем, что в церкви, от молитвенно настроенных христиан, он не получит опровержения из-за уважения к святости храма, распространился о тех благах, которые будто бы имел русский народ за время существования Романовской династии, извращал исторические факты и давал их неверное освящение... Пропагандировать возрождение павшей монархии не дело отца Хлынова. Какое будет на Руси правление – решит весь русский народ на учредительном собрании, а не отец Хлынов».
Октябрьский переворот отец Владимир назовет «неслыханной, небывалой еще в истории России братоубийственной бойней между так называемыми большевиками, с одной стороны, и лучшей частью русского общества в лице самоотверженно настроенной интеллигентной молодежи, с другой.
После этого, летом 1917 года его перевели в Тобольск на должность настоятеля кафедрального собора.
Здесь отец Владимир вошел в состав Тобольского временного совета православно-церковного общества единения клира и мирян. Стоит пояснить, что клир – это все, кто служит церкви, от привратников и чтецов до митрополитов и патриархов. Миряне составляют основную массу верующих, это христиане, не имеющие сана и не принявшие монашеских обетов. Гармоничный союз клира и мирян существовал в древней Церкви. Затем произошел раскол.
С августа 1917 года до апреля 1918 года в Тобольске пребывала царская семья. Отец Владимир с января по май 1918 года совершал богослужения для семьи Романовых, которые находились в заключении в Тобольском губернаторском доме. Всего им было проведено шестьдесят четыре службы в храме или на дому. Волею судьбы отец Владимир стал последним духовником Государя, приняв 22 марта его исповедь и всей семьи.
Известно также, что в первые дни знакомства Николай II просил священника «передать епископу Гермогену, правящему в Тобольске, свой земной поклон и просьбу простить его, Государя, что он принужден был допустить отстранение его от кафедры в 1912 году». Владыка Гермоген передал Государю через отца Владимира земной поклон и просфору и просил прощения.
В конце 1923 года «за антисоветскую деятельность» Владимира Александровича отправили в Соловецкий лагерь особого назначения, где он провел два года. В конце января 1926 года вернулся в Тобольск. В том же году перебрался с семьей в Тюмень, где служил в Ильинской церкви до ее закрытия. Весной того же года за «антисоветскую деятельность» его выслали в город Обдорск (теперь Салехард).
Осенью 1931 года отца Владимира освободили, но 1 февраля 1932 года вновь арестовали в Свердловске по сфабрикованному групповому делу «гражданина Синеокова-Андриевского Иринарха». Тогда он не оговорил ни себя, ни других. 14 мая 1932 года Владимира Александровича приговорили к пяти годам концлагеря и этапировали в Среднеазиатский исправительно-трудовой лагерь, откуда он уже не вернулся.
Умер законоучитель 10 августа 1932 года. Его жена Мария скончалась в 1964 году в поселке Ушаки Тосненского района Ленинградской области, где проживала их дочь Капитолина и другие родственники.