Петр Михайлович родился около 1832 года в Тюмени.
В 1860-1870-е годы Петр Михайлович управлял делами купчихи Шапошниковой – вдовы Василия Шапошникова, а в 1872 году женился на ней. Для Петра это был третий брак по счету.
Петр Набоких торговал на базарах Тюмени и Ирбита железными и скобяными товарами. В 1872 году его причислили в купцы II гильдии из тюменских мещан.
В разные годы был: членом торговой депутации (1872-1875, 1890-1893), председателем Тюменского городового сиротского суда (1893-1896), кандидатом в директора Общественного банка (1881-1885), членом учетного комитета Общественного банка (1894-1902), действительным членом Тюменского вольного пожарного общества (1883). В 1898 году Петра Михайловича избрали на должность гласного городской думы, но он отказался от нее из-за занятости торговлей.
Торговля была делом всей его жизни. В мае 1890 года вместе с другими тюменскими купцами Петр Набоких подписал прошение городскому голове «о запрещении торговли в воскресные и праздничные дни». По установленным порядкам запрещалась вести торговлю в праздничные и воскресные дни с утра и до окончания божественного служения литургии. Частные торговцы хотели, чтобы коммерция не прерывалась.
Своих детей у Петра Михайловича не было. В 1892 году он усыновил мальчика Ивана 1886 года рождения, который остался сиротой. Приемный сын унаследовал все движимое и недвижимое имущество и продолжил дело отца – торговлю скобяными и москательными товарами. Его магазин находился в доме единоверческой церкви на улице Голицинской (ныне улица Первомайская).
Кроме двухэтажного дома на улице Ильинской (теперь 25 Октября, 31) у Петра Михайловича Набоких было домовладение по адресу: Ярморочная площадь 16 / 1-я Казачья, 1 (теперь это угол Герцена и Кузнецова). Дом давно снесли.
Петр Михайлович умер в январе 1913 года. Похоронен на Текутьевском кладбище.