Родился 25 января в семье диакона Петра Лепёхина. В июле 1864 года окончил полный курс Тобольской духовной семинарии. В этом же году рукоположен во священники Введенской церкви села Плехановского Тюменского уезда. В ней отец Иоанн прослужил семь лет. Параллельно духовной службе преподавал Закон Божий при сельском училище. В семействе Лепёхиных родились два сына, Петр и Михаил.
В ноябре 1871 года священника Иоанна Лепёхина назначили на должность настоятеля тюменской церкви Успения Пресвятой Богородицы. Через два месяца отец Иоанн поступил на службу законоучителем Вознесенского приходского училища. Семья Лепёхиных поселилась в доме на Успенской улице (теперь улица Хохрякова), напротив Успенской церкви.
Ивану Петровичу нравилось работать с детьми. В январе 1873 года его определили на должность законоучителя Владимирского сиропитательного заведения (Церковь Симеона Богоприимца). Здесь он прослужил более четырнадцати лет. С 20 мая 1874 года Лепёхина назначили членом попечительского совета Тюменской прогимназии. С августа 1878 года священник преподавал Закон Божий в Знаменском приходском училище.
10 сентября 1879 года, с разрешения генерал-губернатора Западной Сибири, Ивана Петровича допустили к временному исполнению должности законоучителя в Тюменском реальном училище. 29 октября 1881 года официально утвердили в качестве преподавателя Закона Божьего.
22 марта 1886 года «за заслуги по духовному ведомству» священника удостоили права ношения камилавки (головной убор). В августе 1887 года назначили настоятелем Александро-Невской домовой церкви при реальном училище. Параллельно он преподавал Закон Божий во всех классах Тюменской женской прогимназии. Получил благодарность «за то, что не пропустил ни одного урока за весь 1885/1886 учебный год».
Пользуясь любовью и уважением, отец Иоанн работал с детьми на протяжении сорока лет. 1 апреля 1890 года его наградили наперсным крестом от Святейшего Синода «за службу по гражданскому ведомству».
Иван Петрович обучал будущих выдающихся деятелей культуры, науки, политики и медицины:
-
почетного гражданина города Тюмени, врача Станислава Иосифовича Карнацевича;
-
директора тюменского коммерческого училища Виктора Ивановича Колокольникова;
-
первого директора Государственного института сооружений Германа Борисовича Красина;
-
советского дипломата Леонида Борисовича Красина;
-
писателя Михаила Михайловича Пришвина;
-
сына директора Александровского реального училища, профессора Бориса Ивановича Словцова.
В августе 1888 года священника Иоанна Лепёхина назначили членом Тюменского уездного отделения Епархиального училищного совета. В 1895 году – председателем. В 1891 году его избрали членом благочиннического совета и наградили архипастырской благодарностью «за исправность по должности как священника и как законоучителя».
15 февраля 1892 года отец Иоанн удостоился благодарности министра внутренних дел «за полезные труды в деле содействия проходящим через город Тюмень переселенцам». 26 мая 1894 года возведен в сан протоиерея.
19 февраля 1896 года Ивана Петровича назначили председателем строительного комитета по сооружению нового соборного храма в городе Тюмени. Церковь по образцу храма Христа Спасителя в Москве планировалось построить на Базарной площади. 27 апреля 1903 года на выделенном земельном участке заложили часовню в память об убиенном императоре Александре II. Из-за недостатка средств соборный храм так и не построили. Александровская часовня действовала до начала 1920-х годов. После ее использовали под склад и керосиновую лавку. В 1957 году разобрали на кирпичи, фундамент покрыли асфальтом.
В 1901 году отец Иоанн с другими священниками отпевали тюменского купца, благотворителя Николая Мартемьяновича Чукмалдина.
Протоиерей Иоанн Лепёхин дважды награждался орденом святой Анны: в 1899 году – орденом III степени, в 1901 году – орденом II степени.
Скончался отец Иоанн 28 февраля 1905 года после тяжелой болезни в Санкт-Петербурге, куда прибыл для лечения.
Из некролога в Тобольских епархиальных ведомостях:
По материалу Нины Викторовны Боталовой, главного библиографа Отдела библиографической деятельности Центральной городской библиотеки.«Смерть постигла его, сравнительно, в молодых летах и вызвала немало скорби среди лиц, почитавших почившего за его скромную, труженическую жизнь и уважавших его, как благоговейного служителя алтаря Господня и витиевато-задушевного проповедника Слова Божия. Питомцы училища добрым словом поминают своего законоучителя и, по распоряжению господина директора, в урочные дни поминовения молятся об упокоении души его в селениях праведных».